亞灣出入境檢驗檢疫局原名惠州港出入境檢驗檢疫局，由原惠州港進出口商品檢驗局、惠州港國境衛生檢疫局和惠州港進出境動植物檢疫局于1999年11月16日合并組建而成。2007年7月20日，經中編辦批準改為現名。是國家質量監督檢驗檢疫總局設在惠州港口岸的正處級分支機構，隸屬于廣東出入境檢驗檢疫局。根據進出口商品檢驗法、進出境動植物檢疫法、國境衛生檢疫法、食品安全法、認證認可條例等法律法規，依法履行職責，承擔惠州市大亞灣經濟技術開發區出入境衛生檢疫、動植物檢疫以及進出口商品檢驗、鑒定、認證和監督管理工作。